雖然大量試驗表明，在上添加微生物發(fā)酵飼料有利于提高畜禽的生長性能、健康狀況和經(jīng)濟效益，具有較好的應用價值等諸多優(yōu)點，但是由于我國的技術(shù)水平比較落后，存在著一系列的問題。

　　我國發(fā)酵飼料比國外發(fā)展晚，設(shè)備落后，缺乏的技術(shù)人員。目前，我國發(fā)酵飼料廠家規(guī)模比較小，沒有檢測、監(jiān)控條件，設(shè)備不完善，技術(shù)人員對發(fā)酵飼料行業(yè)的知識了解的比較少，這樣使得出來的發(fā)酵飼料存在安全隱患。由于發(fā)酵飼料廠家規(guī)模有限、資金周轉(zhuǎn)量少，某些廠家不在正規(guī)單位購買菌種，因此用于發(fā)酵的菌種可能含有雜菌，導致了發(fā)酵飼料營養(yǎng)水平低下。

　　消毒、滅菌是發(fā)酵飼料的重要環(huán)節(jié)，是決定發(fā)酵飼料成功與失敗的關(guān)鍵，但是很多廠家還沒有建立起一套完整健全的管理制度，例如倉庫管理不當、環(huán)境衛(wèi)生差等都會影響發(fā)酵飼料的質(zhì)量。發(fā)酵飼料廠家規(guī)模小、技術(shù)相對落后，的發(fā)酵飼料產(chǎn)品純度低、菌種較雜，動物食用后會出現(xiàn)腹瀉等癥狀，并在飼料中增加桿菌肽鋅和金霉素等抗生素藥物的使用，大量使用生長促進劑，給畜禽產(chǎn)品帶來藥物殘留的問題。因此，就目前來看，我國的發(fā)酵飼料技術(shù)、設(shè)備、添加量和使用模式等各方面都還落后于歐美等**。